乱入ステージ：ボスラッシュ
1〜6面のどこかで突然乱入してきます。過去のボス達との連続戦闘です。ミッションは、「ボスを全員倒す」になります。強敵ぞろいなので、ミッション達成は結構難しいです。1体目は、「極上パロディウス」のカプセル怪獣カプチーノです。装備が弱い時には、このボスが出す赤カプセルでパワーアップしましょう。鉄球に注意です。BGMは「トルコ行進曲」。2体目は、「パロディウスだ！」のペンギンノフスキーです。周りの小ペンギンが大量に弾を撃ってくるので、大きく誘導しながら小ペンギンを撃ち落としていきましょう。BGMは「熊蜂の飛行」。
3体目は、「パロディウスだ！」のイーグル佐武です。必ず、上と下の交互に誘導しましょう。中央に誘導すると、リップルレーザーをかわせない状況になりやすいです。BGMは「Take Care!」。4体目は、「パロディウスだ！」のホットリップスです。唇8体が左右から挟み込む形でイレババを飛ばしてきますが、4体倒すと一つの大きな唇に合体して襲ってきます。BGMは「天国と地獄」。ショパンの「前奏曲イ長調」で登場する最後のボスは、ビーナスのゆうこです。これまで戦ってきた四匹のボスの能力を受け継いでいます。矢を撃つエンジェルを周囲に配置（回転と縦並び）して、口から鉄球入り赤カプセルをバラまいたり、指からリップルレーザーを出して攻撃してきます。BGMは「白鳥の湖」。
スペシャル・ステージ
全てのミッションを達成すると、エンディング後に高難度のスペシャル・ステージに挑戦する事ができます。BGMは、サンダークロス2の「Air Battle」、フラックアタックの「Counter Attack」、グラIIの「Crystal World」、グラIIIの「Mechanical Base」など、マニアックなコナミメドレーです。前半には、モアイ地帯があります。ミニモアイ戦艦やよしおミサイルが前後から襲ってきます。ミニモアイ戦艦から出てくる緑ベルや赤ベルを駆使して進みましょう。
中盤には、クリスタル地帯があります。とにかくクリスタルをどんどん破壊していきましょう。前方からやってくるザコに注意です。クリスタルから撃ち返し弾が来る場合は、あえて撃たずに避けながら進み、ザコが出たら赤ベルを使うというスタイルで進むといいです。後半には、ザコラッシュ地帯があります。テニス少女やスケート少女が攻撃してきます。攻撃は最大の防御の精神で、出現した瞬間に撃ち落としていきましょう。スピードは3速以上あるといいです。終盤には、ミニ星人地帯があります。無数のミニ星人が押し寄せてくる最大の難関です。大量に弾がばらまかれるので、誘導・弾避けのテクニックが必要になります。赤ベルがあると多少楽です。最後に待ち受けるラストボスのセクシー成人とは…！？BGMはベートーベンの「エリーゼのために」。